微噴灌技術和噴灌技術、滴灌技術等節水灌溉技術相比，有其獨特的優點。具體表現如下：
（1）節約用水
 灌溉水的利用效率高。微噴灌的節水主要體現在減少含水土壤面積、控制灌水深度，減少蒸發和滲漏損失。在果園中，濕潤面積僅占作物生長總覆蓋面積的40%~75%.其次，通過選擇微噴頭的最適宜降水特性，使土壤濕潤體內水的利用率得到進一步的提高。
 （2）系統組合性能強，使用方便
主要體現在通過調整噴嘴和分水器，形成多種噴灑直徑和降雨強度的組合，從而適應了果樹從幼樹生長為成樹的不同需要；某些情況下微噴灌系統還可以很容易地轉化成滴灌系統；微噴頭可隨時調整其工作位置，如樹上、行間或株間等。
（3）節省能源
微噴頭的設計工作壓力一般在15~20m水頭之間，又是局部供水，與噴灌相比大大減少了系統的供水量和揚程，節省能源的作用明顯。
（4）控制雜草生長
當噴灑水直徑不超過樹蔭覆蓋時尤為明顯，暴露在陽光下的地面得不到水分供應，雜草相應減少。
（5）受風的影響小于噴灌系統
因微噴頭工作位置低，噴灑仰角小，在多風季節仍可作業。
（6）降低系統投資
因為采用了低壓小流量的供水方式，對系統供水能力的要求降低了，從而使各級管道的口徑減小，并降低了管材的壓力等級，減少了系統的動力功率，使系統的總投資大大下降。
（7）可控制葉面潮濕
對于使用污水和咸水灌溉時，可防止損害作物葉子，相反當需要濕潤葉面或改善田間小氣候時，可將微噴頭移至樹冠上，還可用以防止霜凍災害。
（8）有助于開發利用鹽堿土壤
對鹽堿土壤上的作物，可利用微噴灌在作物根系區創造一個低鹽濃度的區域，保證作物的正常生長。
（9）對田間作業的干擾小
 因管道和微噴頭便于移動，不影響田間農機作業。